以前この掲示板でも私が投稿した、Capture NX の不具合について、ニコンイメージングから回答とアップデートの通知がありました。

不具合内容
ピクチャーコントロール非対応機種の RAW 画像を、ViewNX 1.0.3 でピクチャーコントロール、露出補正、ホワイトバランスを設定し、上書き保存したものを、Capture NX のバッチ処理に渡して、ノイズリダクションや色収差補正などの、ピクチャーコントロール、露出補正、ホワイトバランス以外の基本画像調整をおこなうと、露出補正、ホワイトバランスは ViewNX の設定値を引き継ぐのに、ピクチャーコントロールだけが、「使用しない」状態に戻ってしまう。

回答
本日より、「Capture NX Ver1.3.3」のダウンロードが開始となりました。
このアップデータでは、「ViewNX」でピクチャーコントロール非対応機種の
RAW画像に対してピクチャーコントロールを変更し、「Captue NX」で開くと、
「ピクチャーコントロール」が「ピクチャーコントロール不使用」になってしまう
問題等を修正しております。

ということで、時間はかかりましたが、一利用者の不具合報告に対する、丁寧な回答と対応をいただきました。
他にもいくつかの不具合対策が行われているようです。