何が違うんでしたっけ？
デジタル一眼レフに対応している点と最大発光量は同じだと思いますが。

例えば
http://www.nikon-image.com/jpn/products/camera/digital/slr/d2h/spec.htm
の「スピードライトの調光方式」の項を見てください。

ニコンのサイトってややこしいですね。
私としては、カメラの仕様じゃなくスピードライトの仕様の方に書いといてもらいたい気がします。

まったく同じですね↓

　　TTL自動調光5分割センサー一体型ICによる以下のD-TTL調光制御
　・ D-3D-マルチBL調光：内蔵スピードライトおよびSB-800・80DX・50DX・28DXと
　　D/Gタイプニッコールの組み合わせにより可能。
　・ D-マルチBL調光：内蔵スピードライトおよびSB-800・80DX・50DX・28DXと
　　D/Gタイプ以外のAFニッコール（F3AF用を除く）、Ai-Pニッコールとの組み合わせ
　　により可能
　・ スタンダードD-TTL調光：露出モードをM、または測光モードをスポット測光に
　　して内蔵スピードライトを使用した場合、あるいはスポット測光に設定して
　　SB-800・80DX・50DX・28DXを使用した場合に可能

でも型番が違うからにはきっと何か変更されている点があるわけで。
もし誰も存じておられなかったら明日ニコンに電話してみます。

http://www.nikon-image.com/jpn/fi_cs/slr_goods/speedlight/sb-28dx.htm
http://www.nikon-image.com/jpn/fi_cs/slr_goods/speedlight/sb-80dx.htm

この2つのページを見比べればおのずと違いはわかると思います。
ガイドナンバーも違いますし、照射角度もまったく違います。
FP発光もDシリーズではSB-28DXは不可、SB-80DXは可です。
他にもいろいろ違いますので、比べてみてください。

あと経験上ですが、D1/D1H/D1XとSB-28DXの組み合わせだと、露出がどアンダーに
なることが多いようです。D1シリーズと組み合わせて使うのならSB-80DX以降の
方がいいでしょう。
(D2Hとの組み合わせなら、SB-28DXも問題ないんですけどね)