とりあえず、被写体の明暗調整はフラッシュの調光補正で行い、背景の明暗調整は露出補正で行うと考えてください。


これは撮影環境が暗いことが原因です。内蔵フラッシュでも同じ動作です。
暗さに起因する振れを防ぐために『フラッシュ時シャッタースピード制限（項目名は D90 の場合）』により、
暗い場所ではこの設定値（初期値 1/60秒）に制限されます。
この状態では、被写体はフラッシュによりカメラが適正と判断する明るさで写りますが、
背景はカメラが適正と判断する明るさに届かずに暗めに写ります。

フラッシュをスローシンクロに設定すればこの制限を解除して低速シャッターに設定出来ますので、
背景についてもカメラが適正と判断する明るさで写ります。
但し、いっそうの低速シャッターとなるため、スローシンクロを使わない時以上に振れ易くなります。

シャッター速度を高速にするためには、撮影場所や被写体を明るくする、感度を上げる、絞りを開ける等の操作を行います。
これらの操作を行わずに単純にシャッター速度優先露出に切り替えて高速シャッターに設定すると、
1/60秒等に制限される時以上に背景が真っ暗に仕上がり易くなります。