私の経験ではシグマレンズはEFマウントではあんまり問題が出ないのですがFマウントではいろいろソフトをいじっているらしくシグマが動作確認したレンズ以外では動作しないものが多いようです。
とりあえずシグマに報告してみましょう。すぐには対応してくれないとは思いますが対応してくれるかもしれません。
50-500はF6.3だから本来はAFできないところをできるようにしてしまっているので、もしかするとこれから出るボディでも問題が起こるかもしれません。